填充自体脂肪常见的副作用有：伤口部位感染发炎，这和医生消毒工作不过关以及求美者术后不注意护理有关；也可能会出现血肿的情况；有些爱美人士还会有皮肤凹凸不平，以及皮肤瘀斑等现象。不过选择正规的整形医院操作，能减少副作用出现的几率。

自体脂肪填充后可以在医生指导下服用消炎类药物来消肿。自体脂肪填充术后出现肿胀情况一般是由于伤口出现炎症导致，服用消炎药物能够起到抑制炎症的作用，从而达到消肿的效果，同时也可以对手术部位进行冰敷，术后清淡饮食，注意多休息，这样消肿也会比较快。

自体脂肪填充的肿胀期一般会持续3到5天。肿胀的高峰期一般有两个阶段，第一个阶段是在术后的第2天到第3天，肿胀情况比较严重，第二个阶段是在第5天到第7天，之后肿胀就会慢慢消退。求美者手术后要做好个人护理，术后7天内需保持伤口干燥、清洁，请勿碰水。尽量避免移植部位的活动，术后2周内尽量不要蒸桑拿，不要暴露在紫外线下，术后3月内不要按摩治疗部位，术后一月内不要进行剧烈运动。术后不可服用胶原蛋白，以免出现组织增生，严重的话会出现皮肤凹凸不平，僵硬，脂肪钙化等后遗症。