自体脂肪填充术后的后遗症会有手术中出现感染的情况，出现出血的可能，会造成局部皮肤的凹凸不平，也有可能会造成注入脂肪组织过多或注入后，脂肪组织自然聚集成块儿，导致注入的脂肪未能成活，造成脂肪的坏死的情况。

自体脂肪填充术的后遗症，一般情况可能会出现静脉栓塞，局部瘢痕，或者瘙痒等情况。还有可能会出现发炎，感染，脂肪吸收，脂肪坏死等情况的发生。